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¿Detener codones y exones?


Si tuviéramos un gen hipotético llamado gen exampleGene y este gen tenía 5 exones, etiquetados A, B, C, D y E en ese orden en el cromosoma, ¿podría darse el caso de que el codón de parada de este gen esté en el exón D y el exon mi sigue siendo un exón que se transcribirá en? No puedo ver que esto sea cierto, ya que si recuerdo correctamente, la transcripción se detiene ANTES del codón de parada, y cuando se detiene, el pre-ARNm se procesa más, pero todo lo que sigue a esa parada no sería parte de la exampleGene ?

Mi diagrama vago de cómo pienso en el supuesto exampleGene ser:

--- A ----- B --- C --------- D (codón de parada) ------- E ---

Después de la transcripción a través de la ARN polimerasa:

A B C D


Eche un vistazo a este esquema de un ARNm maduro.

[fuente]

La región codificante (es decir, la parte que se traduce) se encuentra entre los codones de inicio y finalización, pero las regiones no traducidas (UTR) 5 'y 3' también son transcritas por la ARN polimerasa; estos son parte del primer y último exón, respectivamente. El sitio de inicio de la transcripción está etiquetado justo en frente de la UTR 5 '. Para el propósito de esta respuesta, se puede decir que la terminación de la transcripción ocurre en la señal de poli (A) (la cola de poli (A) se agrega postranscripcionalmente, al igual que la tapa 5 ').

Para ser claros, el punto que espero es que la transcripción no involucra codones. La ARN polimerasa no se detiene en el codón de terminación ni comienza en el codón de inicio. De hecho, ni siquiera "sabe" qué son los codones.


Mezclas traducción y transcripción. Transcripción crea ARNm a partir de una plantilla de ADN. La transcripción también incluye el empalme, es decir, la escisión de intrones para que el ARNm maduro contenga solo exones. En su ejemplo, es así:

ADN (cromosoma): --- A ---- B--… --Dparada---MI---

ARNm prematuro: A ---- B ---… --- Dparada--E --- poliA

ARNm maduro: AB… DparadaE-poliA

Traducción es la creación de un polipéptido a partir de una plantilla de ARNm maduro.

Si los codones del exón A corresponden a la secuencia polipeptídica a y así sucesivamente para otros exones, su polipéptido traducido del ARNm maduro se verá así:

$ NH_2 $ -ab… d- $ COOH $

El codón de parada detiene la traducción. El ARNm aún podría contener mucha información después del codón de parada, por ejemplo, para dirigir el ARNm al compartimento de la célula (por ejemplo, sitio presináptico).


Marco de lectura abierto

En genética molecular, un marco de lectura abierto (ORF) es la parte de un marco de lectura que tiene la capacidad de ser traducida. Un ORF es un tramo continuo de codones que puede [1] comenzar con un codón de inicio (generalmente AUG) y terminar en un codón de terminación (generalmente UAA, UAG o UGA). [2] Un codón ATG (AUG en términos de ARN) dentro del ORF (no necesariamente el primero) puede indicar dónde comienza la traducción. El sitio de terminación de la transcripción se encuentra después del ORF, más allá del codón de terminación de la traducción. Si la transcripción cesara antes del codón de parada, se produciría una proteína incompleta durante la traducción. [3] En los genes eucariotas con múltiples exones, los intrones se eliminan y los exones se unen luego de la transcripción para producir el ARNm final para la traducción de proteínas. En el contexto de la búsqueda de genes, la definición de inicio-parada de un ORF, por lo tanto, solo se aplica a los ARNm empalmados, no al ADN genómico, ya que los intrones pueden contener codones de terminación y / o causar cambios entre los marcos de lectura. Una definición alternativa dice que un ORF es una secuencia que tiene una longitud divisible por tres y está limitada por codones de terminación. [4] [5] Esta definición más general también puede ser útil en el contexto de la transcriptómica y / o metagenómica, donde el codón de inicio y / o finalización puede no estar presente en las secuencias obtenidas. Tal ORF corresponde a partes de un gen en lugar del gen completo.


Detener codones

Comienzo/codones de parada
La traducción comienza con un codón de iniciación de cadena (codón de inicio). diferente a codones de parada, el codón solo no es suficiente para comenzar el proceso. También se requieren secuencias cercanas (como la secuencia de Shine-Dalgarno en E. coli) y factores de iniciación para iniciar la traducción.

Detener codones son señales de terminación al final de un gen que no especifican un aminoácido.

El tres codones de parada son UAA, UAG y UGA. Estos codones señalan la terminación de la traducción porque no existe una molécula de ARNt que reconozca estos codones. En cambio, se reconocen por factores de terminación que detienen la traducción.
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Radiomarcaje: también conocido como marcaje de radioisótopos, es una técnica que se utiliza para detectar el movimiento de una molécula en particular a través de un sistema químico, bioquímico o celular, reemplazando algunos de los átomos en los reactivos con isótopos radiactivos.

El código genético comprende un total de 64 tripletes de estos codones, 61 codifican para aminoácidos específicos y 3 son

que terminan la traducción. Todos excepto dos de los 20 aminoácidos utilizados en la síntesis de proteínas (es decir, metionina y triptófano) están codificados por más de un codón (Szyma® "ski y Barciszewski 2007).

, hay 61 codones, pero solo 20 aminoácidos están codificados en prácticamente todos los organismos. Ciertos codones están diseñados para codificar un aminoácido alternativo, incluidos los aminoácidos no estándar (como O-metil tirosina) o exógenos (como 4-fluorofenilalanina).

Además, un "codón de inicio" y tres "

"indican el comienzo y el final de la región codificante de la proteína.

Estos trillizos se llaman

. Otro codón, AUG, también tiene una función especial. Además de especificar el aminoácido metionina, también sirve como codón de inicio para iniciar la traducción. El marco de lectura para la traducción lo establece el codón de inicio AUG cerca del extremo 5 'del ARNm.

La terminación de la traducción ocurre cuando un ribosoma encuentra uno de los tres

(UAA, UAG o UGA). Estos codones no son reconocidos por un ARNt sino por factores de liberación de proteínas. RF-1 reconoce UAA y UAG, RF-2 reconoce UAA y UGA. RF-3 estimula la actividad de RF-1 y RF-2.

Este problema de representar soluciones candidatas de una manera robusta no surge en la naturaleza, porque el método de representación utilizado por la evolución, a saber, el código genético, es intrínsecamente robusto: con muy pocas excepciones, como una cadena de

Y luego, al final de las proteínas, tenemos un codón especial llamado

Después de ensamblar los aminoácidos en una cadena polipeptídica, el ARNm, a través de uno de sus

, le indica al ribosoma que el polipéptido está completo. El ribosoma luego libera la proteína producida.

La terminación ocurre cuando uno de los tres

llega al sitio A.
Un factor de liberación se une al codón de terminación e hidroliza el enlace entre el polipéptido y su ARNt en el sitio P.
Esto libera el polipéptido y el complejo de traducción se desmonta.

Marco de lectura abierto (ORF). Una región de ADN o ARNm que contiene una serie de codones ininterrumpidos por

y por tanto capaz de codificar una cadena polipeptídica.
Transferencia ooplasmática. Proceso mediante el cual se usa el citoplasma sano de un óvulo donante para mejorar el entorno citoplasmático de un óvulo receptor.

Una mutación que cambia un codón de aminoácido a uno de los tres

, lo que resulta en una proteína más corta y generalmente no funcional.
noradrenalina.

Una mutación sin sentido es típicamente algo que es malo y no es bueno para la célula, ya que lo que sucede es que se crea al azar un nuevo codón de parada, de modo que cga si cambiamos esa primera c por una u, uga es uno de los

eso le dice al ribosoma que deje de producir la proteína y entonces vendrá du du du y simplemente se detendrá.

La producción de más de un ARNm a partir de un solo pre-ARNm debido a diferencias en la escisión de intrones y / o el uso de

. Negro, D.L. (2000) Celda 103, 367-370
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Cistron: un segmento de ADN que codifica un polipéptido específico e incluye su propio inicio y

. Cuando un ARNm codifica dos o más proteínas, se denomina policistrónico.

7.4.6 Explicar el proceso de traducción, incluidos los ribosomas, polisomas, codones de inicio y

Secuencia de tres nucleótidos en el ADN o ARNm que especifica un aminoácido particular durante la síntesis de proteínas, también llamado triplete. De los 64 codones posibles, tres son

, que no especifican aminoácidos. (Tabla 4-2)
Glosario completo.

Las bases de ARNm son equivalentes a la cadena de ADN sin molde.
Iniciar y

están incluidos
Las secuencias de ADN de intrones (no codificantes) y exones (codificantes) están presentes en el transcrito primario de ARNm. Los intrones se eliminan antes de que se traduzca el ARNm, de modo que los exones solo estén presentes en el transcrito de ARNm maduro.

Por lo tanto, también buscan entre esos sitios de empalme para asegurarse de que la secuencia parezca que podría codificar una proteína, que no tiene ninguna.

, [y también] que se trata de la distribución correcta de codones.

Los ARN con cuatro unidades repetidas, incluidas UAG, UAA o UGA, produjeron solo dipiptidos y tripéptidos, lo que revela que UAG, UAA y UGA son

Marco de lectura abierto: cualquier región de ADN o ARN en la que se pueda codificar una proteína. En otras palabras, debe haber una cadena de nucleótidos (posiblemente comenzando con un codón Met) en la que uno de los tres marcos de lectura no tiene


Mutaciones y reparación

David P. Clark,. Michelle R. McGehee, en Biología Molecular (tercera edición), 2019

Los codones de terminación se identificaron originalmente mediante mutaciones en el bacteriófago T4. El primero identificado fue UAG, el codón ámbar, que recibió su nombre de una manera curiosamente intrincada. El laboratorio de Seymour Benzer en Caltech buscaba una mutación que permitiera que creciera cierto tipo de bacteriófago mutante. Benzer dijo que quienquiera que identificara la mutación le pondría su nombre. La mutación fue finalmente aislada por un estudiante llamado Harris Bernstein. Dado que "Bernstein" significa "ámbar" en alemán, UAG se denominó codón ámbar. El segundo codón de parada que se encuentra (UAA) se denominó "ocre" para mantener el tema del color. El tercer codón de parada (UGA) es menos común y, por lo tanto, el uso de "ópalo" o, con menos frecuencia, "umber" es menos frecuente y no está completamente establecido.


Omisión de codones de parada prematuros y generación de BRCA2 funcional por omisión de exón

Una mutación patogénica en BRCA2 aumenta significativamente el riesgo de cáncer de mama y ovario, por lo que es imperativo examinar las consecuencias funcionales de variantes de importancia clínica incierta. Las variantes que se predice que darán como resultado una proteína truncada se clasifican inequívocamente como patógenas. Anteriormente hemos demostrado cómo una variante patógena del sitio de empalme que se sabe que genera un codón de terminación prematura (PTC) en el exón 9 y una mutación sin sentido en el exón 7, puede generar BRCA2 funcional omitiendo los exones 4-7 y restaurando el marco de lectura. Utilizando un ensayo bien establecido basado en células madre embrionarias de ratón, caracterizamos funcionalmente aquí una mutación del sitio de empalme y 11 variantes patógenas de BRCA2 que son mutaciones sin sentido o generan PTC en diferentes exones que van desde los exones 4 a 7. Nuestro estudio muestra que cinco variantes puede restaurar el marco de lectura abierto mediante la omisión de exón y generar una proteína funcional. Esto sugiere una mayor necesidad de actuar con prudencia al clasificar variantes claramente patógenas.

Declaracion de conflicto de interes

Declaracion de conflicto de interes

En nombre de todos los autores, el autor correspondiente declara que no existe conflicto de intereses.


Detener codón

codón de parada --
codón de terminación
(Ciencia: biología molecular) Los tres codones, UAA conocido como ocre, UAG como ámbar y UGA como ópalo, que no codifican un aminoácido pero actúan como señales para la terminación de la síntesis de proteínas.

Detener el codón
A codón de parada es una secuencia de trinucleótidos dentro de una molécula de ARN mensajero (ARNm) que indica la interrupción de la síntesis de proteínas. El código genético describe la relación entre la secuencia de bases de ADN (A, C, G y T) en un gen y la secuencia de proteína correspondiente que codifica.

codón de parada: uno de los tres codones de ARNm que especifica la terminación de la traducción
codón de inicio: el AUG (o, raramente, GUG) en un ARNm a partir del cual comienza la traducción siempre especifica metionina.

El codón de una molécula de ARN mensajero donde se detiene la síntesis de proteínas.
estratificación División del agua en lagos y estanques en capas con diferentes temperaturas y contenido de oxígeno. El contenido de oxígeno disminuye con la profundidad, mientras que la capa superior es más cálida en verano y más fresca en invierno.

. Uno de los tres codones de ARNm UAG
Estereotipia. Secuencias repetitivas de conducta motora que son topográfica y morfológicamente invariantes, a menudo rítmicas y aparentemente sin propósito.

- Un codón que no es reconocido por una molécula de ARNt. Uno de los tres codones: UAA, UAG o UGA. Señala la terminación de la traducción del ADN.
Mutación supresora: un tipo de mutación del código genético que altera el resultado de una mutación diferente. Puede ser extragénico o intragénico.

s, el codón solo no es suficiente para comenzar el proceso. También se requieren secuencias cercanas (como la secuencia de Shine-Dalgarno en E. coli) y factores de iniciación para iniciar la traducción.

Mutación: secuencia y descripción general
Mutación de inserción: enfermedades y ejemplos
Mutaciones puntuales en el ADN: tipos, enfermedades y ejemplos.

en el código mitocondrial de Thraustochytrium Codón de iniciación en códigos mitocondriales de protozoos y códigos de Mycoplasma y Spiroplasma
UUG
Leu.

Triptófano
Algunas de estas diferencias deben considerarse como pseudo-cambios en el código genético debido al fenómeno de la edición del ARN, que es común en las mitocondrias.

está presente en el sitio A es reconocido por un conjunto de proteínas llamadas factores de liberación. Inducen que el ribosoma adhiera una molécula de agua a la cadena polipeptídica en crecimiento, en lugar de otro aminoácido. Esto termina el proceso de traducción y libera el polipéptido del ribosoma.

Degeneración: una característica del código genético. Más de un triplete de nucleótidos puede codificar el mismo aminoácido. Lo mismo se aplica a la señal de terminación, que está codificada por tres

s. Solo la metionina y el triptófano llevan secuencias de trinucleótidos únicas.

Una larga secuencia de ADN que no es interrumpida por un

y codifica parte o la totalidad de una proteína. (Ver marco de lectura). Operador. Elemento regulador procariota que interactúa con un represor para controlar la transcripción de genes estructurales adyacentes. Organelo.

La terminación del polipéptido ocurre cuando el sitio A del ribosoma se enfrenta a un

La terminación de la traducción ocurre cuando un ribosoma encuentra uno de los tres

s (UAA, UAG o UGA). Estos codones no son reconocidos por un ARNt sino por factores de liberación de proteínas. RF-1 reconoce UAA y UAG, RF-2 reconoce UAA y UGA. RF-3 estimula la actividad de RF-1 y RF-2.

Entonces, para encontrar un gen, el programa busca un comienzo y un

?
Oh, desearía que fuera tan fácil como encontrar un comienzo y encontrar una parada. Un codón de inicio de una proteína es "ATG". Vas a encontrarte con un codón de inicio ATG con bastante frecuencia.

Una vez que el ribosoma alcanza el

. Luego se libera el polipéptido. Muchos ribosomas pueden traducir el mismo ARNm al mismo tiempo. Todos se moverán a lo largo del ARNm en una dirección 5 'y rarr3'.

Una mutación sin sentido es típicamente algo que 'es malo' no es bueno para la célula, ya que lo que sucede es que creas aleatoriamente una nueva.

así que cga si cambiamos esa primera c por una u,.

la región entre un codón de metionina (ATG) que podría servir para iniciar la traducción de proteínas, y el inframe

Mutación sin sentido: este tipo de mutación altera la secuencia de nucleótidos para que una

señala el final del proceso de traducción y detiene la producción de proteínas.

Este problema de representar soluciones candidatas de una manera robusta no surge en la naturaleza, porque el método de representación utilizado por la evolución, a saber, el código genético, es intrínsecamente robusto: con muy pocas excepciones, como una cadena de

La terminación ocurre cuando uno de los tres

e hidroliza el enlace entre el polipéptido y su ARNt en el sitio P.
Esto libera el polipéptido y el complejo de traducción se desmonta.

Después de ensamblar los aminoácidos en una cadena polipeptídica, el ARNm, a través de uno de sus

s, señales al ribosoma de que el polipéptido está completo. El ribosoma luego libera la proteína producida.

y la cola de poliA se considera 3 'sin traducir (ver Figura 4). La región no traducida 3 'puede afectar la eficacia de traducción del ARNm o la estabilidad del ARNm.

La selenocisteína se incorpora a algunas proteínas en un codón UGA, que normalmente es un

.
Algunos metanógenos utilizan la pirrolisina en enzimas que utilizan para producir metano. Está codificado de manera similar a la selenocisteína pero con el codón UAG en su lugar.

cds El cds es la parte traducida del gen desde el codón de inicio al

y excluyendo intrones.
químicos Términos que describen sustancias obtenidas mediante un proceso químico o utilizadas para producir un efecto químico.

La secuencia de tripletes de nucleótidos (codones) que va desde un codón de inicio de traducción específico en un ARNm a un

. Algunos ARNm se pueden traducir en diferentes polipéptidos leyendo en dos marcos de lectura diferentes. (Figura 4-21)
Glosario completo.

Una mutación que cambia un codón de aminoácido a uno de los tres

s, lo que resulta en una proteína más corta y generalmente no funcional.
noradrenalina.

Marco de lectura: la secuencia de tripletes de nucleótidos (codones) que se ejecutan desde un comienzo específico
codón en un ARNm a un

. Muchos ARNm se pueden traducir en muchos
diferentes polipéptidos al ser leídos en dos marcos de lectura diferentes.

Entonces, el polipéptido está listo para su modificación en una proteína específica. A

La producción de más de un ARNm a partir de un solo pre-ARNm debido a diferencias en la escisión de intrones y / o el uso de

s. Negro, D.L. (2000) Celda 103, 367-370
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Regiones de secuencias de ADN / ARN que codifican proteínas. Por lo general, comienza con un codón de inicio (ATG) y termina con un

Las bases de ARNm son equivalentes a la cadena de ADN sin molde.
Iniciar y

s están incluidos
Las secuencias de ADN de intrones (no codificantes) y exones (codificantes) están presentes en el transcrito primario de ARNm. Los intrones se eliminan antes de que se traduzca el ARNm, de modo que los exones solo estén presentes en el transcrito de ARNm maduro.

Cualquiera de las tres secuencias de ARNm (UGA, UAG, UAA) que no codifican un aminoácido y, por lo tanto, señalan el final de la síntesis de proteínas. También conocido como

Desintegración de ARNm mediada por sinsentidos (NMD). Una de varias vías complejas por las que se degradan las moléculas de ARN mensajero (ARNm). Se relaciona particularmente con los ARNm que tienen una

Mutación sin sentido: una mutación en la que un codón se cambia a un

, dando como resultado un producto proteico truncado. Síndrome de Noonan: una afección caracterizada por baja estatura y disfunción ovárica o testicular, deficiencia mental y lesiones del corazón.


5.2. Investigación 2: Construya el modelo genético para tra-RA¶

  • Identificar cómo ensamblar exones para mantener el marco de lectura abierto (ORF) para un gen determinado.
  • Defina las fases de los sitios donantes y aceptores de empalme y cómo impactan en el mantenimiento del ORF.
  • Identificar los codones de inicio y parada de un ORF ensamblado.
  • Utilice las coordenadas de los codones de inicio y parada y los sitios de empalme para generar un modelo de la región codificante de una isoforma genética.

Podemos combinar lo que sabemos sobre marcos de lectura con lo que sabemos sobre empalmes para aprender exactamente cómo se arma tra-RA. Observaremos dónde están el codón de inicio, los sitios de empalme y el codón de terminación para que podamos construir un modelo de gen. Luego, en el Módulo 6, usaremos estos mismos tipos de información para resolver algunos misterios sobre tra-RB.

  1. Usando la misma página del Navegador Genoma, reinicie el Navegador haciendo clic en Ocultar todo. Luego abra las pistas que proporcionarán la información que queremos para la Investigación 2:
    • Posición base: completo
      • Tenga en cuenta que no podrá ver la secuencia de ADN o las pistas de aminoácidos hasta que haga zoom.
    • Genes FlyBase: paquete
    • Cobertura de RNA-Seq: completa
      • Verá histogramas azul y rojo que representan los datos de ARN-Seq (que indican la cantidad de ARNm sintetizado) en mujeres y hombres, respectivamente.
      • Nos centraremos en el histograma azul (mujeres adultas) nuevamente. Como hicimos en el Módulo 3, personalicemos la pista RNA-Seq:
        • Haga clic en la etiqueta RNA-Seq Coverage debajo de la barra verde RNA-Seq Tracks que se encuentra en la sección inferior de la página.
        • Configure el campo "Escala de vista de datos" para usar la configuración del rango de visualización vertical
        • Establezca el "rango de visualización vertical" "máximo" en 37
        • En la sección "Lista de subpistas", anula la selección de la pista Hombres adultos.
    • Uniones de exón: completo
      • Estas cajas rectangulares unidas por una delgada línea negra nos ayudarán a identificar los límites exón-intrón.

5.2.1. Identificar el codón de inicio¶

  1. Busquemos el codón de inicio de tra-RA. Amplíe el lugar donde la pista FlyBase Genes muestra que comienza la traducción (donde la caja negra rastreada se vuelve más gruesa para la isoforma tra-RA) como se ve en (Figura 5.3)

Figura 5.3. Región de inicio de traducción del tra gene.

Proporcione las coordenadas de todo el codón de inicio para tra-RA (las coordenadas del codón de inicio deben ser tres números consecutivos, por ejemplo: nucleótidos 212-214).

¿Qué marco de lectura debemos seguir para ver la secuencia de aminoácidos predicha de tra-RA?

Aléjate para ver el exón completo. ¿Hay codones de parada en este marco de lectura en el primer exón?

5.2.2. Identificar los sitios de empalme para el intrón 1¶

  1. Ahora amplíe y encuentre la última base del primer exón para tra-RA utilizando sus datos de RNA-Seq y los datos de Exon Junctions (Figura 5.4).

Figura 5.4. Región al final del exón 1 del tra gene.

Da las coordenadas de la última base del primer exón.

Para que podamos seguir el polipéptido hasta que identifiquemos el codón de terminación, necesitamos averiguar qué marco de lectura debemos seguir en el segundo exón. Esto no es tan fácil como podría pensar, porque los eucariotas no siempre leen en el mismo marco de lectura cuando observan el genoma. Viste un ejemplo de esto anteriormente en el Módulo 1. A veces podemos inferir el marco de lectura correcto dado el patrón de codones de inicio y parada dentro de la región del exón, identificado por los datos de RNA-Seq. Pero ese tipo de información no siempre da una respuesta definitiva; puede haber más de un marco de lectura posible para un exón dado. Para averiguar qué marco de lectura se está traduciendo en el exón 2, debemos comprobar el final del primer exón para ver cuántas bases del último codón están presentes antes de la secuencia de consenso del sitio de empalme 5 '. Para hacer esto, observe de cerca el marco de lectura 3, justo antes del sitio de empalme (Figura 5.5).

Figura 5.5. Un nucleótido extra entre el último codón completo y el sitio donante de empalme para el exón 1 del tra gene.

Tenga en cuenta que el sitio de empalme corta el último codón del primer exón después de solo una base (como lo indica el cuadro rojo en Figura 5.5). Por tanto, diríamos que este exón tiene un Final de la “fase 1” porque hay un codón parcial al final del exón que tiene 1 base de longitud.

Si hubiera un codón completamente completado antes del sitio de empalme, estaría en fase 0, y si hubiera dos bases antes del sitio de empalme, estaría en fase 2.

Para este exón con un extremo de fase 1, necesitaremos dos bases más del siguiente exón para completar el codón. Sabiendo esto podemos identificar el marco de lectura que se utilizará en el segundo exón. Navegue hasta el sitio de empalme de 3 'del intrón 1 (es decir, la ubicación donde termina el primer intrón y comienza el segundo exón en la Figura 5.6). Para revisar el empalme y el concepto de fase, vea el video Empalme y fase.

Figura 5.6. Región al comienzo del Exón 2 del tra gene

Sabiendo que el exón 1 termina con un codón parcial de 1 base, ¿qué marco de lectura se usa en el segundo exón?

Según la evidencia que ve en el navegador, proporcione las coordenadas de la primera base del segundo exón de tra-RA.

¿Observa un sitio aceptor de empalme apropiado justo aguas arriba dentro del intrón?

Ahora usaremos el marco de lectura 2, porque, después del sitio de empalme, quedan dos bases en el codón. Estas dos bases más la base que queda del primer exón forman un codón completo.

  1. A continuación, aleje el zoom y observe el cuadro de lectura 2 para todo el exón 2 de tra-RA. Puede ver que no hay codones de parada en este marco de lectura, lo que respalda nuestra conclusión de que este es el marco de lectura adecuado.

5.2.3. Identificar los sitios de empalme para el intrón 2¶

  1. Ahora, hagamos lo mismo para el sitio de empalme de 5 'del intrón 2 para tra-RA. Amplíe ese sitio de empalme (Figura 5.7).

Figura 5.7. Región al final del exón 2 del tra gene.

Dé la coordenada de la base antes del sitio de empalme de 5 'del intrón 2.

¿Cuántas bases quedan en el codón antes del sitio de empalme, es decir, es esta fase 0, fase 1 o fase 2?

6. Navegue hasta el inicio del exón final (Figura 5.8).

Figura 5.8. Región al comienzo del exón 3 del tra gene.

Localice el sitio de empalme de 3 'del Intron 2. Dé la coordenada de la primera base en el exón 3 para tra-RA.

¿Qué marco de lectura se traduce en el exón final?

5.2.4. Identificar el codón de parada¶

  1. Ahora localice el primer codón de parada en el marco de lectura traducido. Los codones de parada se muestran como recuadros rojos con asteriscos (flechas rojas) como se muestra en la Figura 5.9.

Figura 5.9. Región al final del exón 3 del tra gene.

Dé las coordenadas de las bases en el codón de terminación.

5.2.5. Construya el modelo genético completo¶

Consolidemos todos los datos que encontramos arriba en un solo lugar:

  • Coordinar para el inicio de la traducción: ______________
  • Coordinar para la última base del exón 1: ______________
  • Coordinar para la primera base del exón 2: ______________
  • Coordinar para la última base del exón 2: ______________
  • Coordinar para la primera base del exón 3: ______________
  • Coordenadas del codón de parada: ___________________________

Tome la información de coordenadas anterior para dibujar un mapa de tra-RA usando rectángulos para representar exones y líneas de conexión para representar intrones. Etiquete los extremos de los exones con las coordenadas apropiadas e indique el sitio de inicio de la transcripción para la transcripción inicial de tra-RA. Debajo de este mapa, proporcione un mapa del ARNm procesado después de la eliminación del intrón. Debajo de este mapa, indique las regiones que se traducen en una proteína. Dar coordenadas precisas. La codificación por colores puede resultar útil.

En el Módulo 6, compararemos este modelo de tra-RA con un modelo de tra-RB.

Para cimentar su conocimiento de la estructura genética, podría construir un mapa similar de la spd-2 gene. ¿Cuántos exones tiene este gen? Cuantos intrones? ¿Cuántas isoformas? Utilice el mismo enfoque para determinar las coordenadas de los exones y las coordenadas de la región de codificación (otro nombre para la región que se traduce).


¿Detener codones y exones? - biología

De los 64 posibles codones presente en el código genético, tres codifican señales de parada que terminan traducción y uno codifica tanto una señal de inicio que inicia la traducción como el aminoácido metionina.

61 de los 64 codones posibles codifican veinte aminoácidos diferentes. La mayoría de estos aminoácidos pueden estar codificados por más de un codón. Tres de los 64 codones terminan la síntesis de proteínas y liberan el polipéptido de la maquinaria de traducción. Estos trillizos se llaman codones de parada: UGA, UAG y UAA. En general, estos no codifican aminoácidos. Sin embargo, el codón de parada UGA a veces se usa para codificar un aminoácido número 21 llamado selenocisteína (Sec), pero solo si el ARNm contiene además una secuencia específica de nucleótidos llamada secuencia de inserción de selenocisteína (SECIS). El codón de terminación UAG también es utilizado a veces por algunas especies de microorganismos para codificar un 22º aminoácido llamado pirrolisina (Pyl).

Uno de los 61 codones que codifican los aminoácidos, AUG, tiene una función especial. Además de especificar el aminoácido metionina, también sirve como codón de inicio para iniciar la traducción. los marco de lectura para la traducción se establece mediante el codón de inicio AUG.


Preguntas de práctica


academia Khan


Puntos clave

• Tres codones (UAA, UAG y UGA) se conocen como codones de terminación y señalan la terminación de la traducción. No codifican aminoácidos.

• En casos especiales, los codones de terminación UGA y UAG pueden codificar aminoácidos especiales 21º y 22º.

• Un codón (AUG) se conoce como codón de inicio e inicia el proceso de traducción. También codifica el aminoácido metionina.

Codón: Secuencia de tres nucleótidos adyacentes que codifican un aminoácido específico o una señal de parada durante la síntesis de proteínas (traducción).

Traducción: Proceso en el que se utiliza ARN para crear una nueva cadena polipeptídica (proteína).

Detener codón: Uno de los tres codones (UAA, UAG y UGA) que indica el final de la traducción.

Codón de inicio: El codón AUG, que señala el inicio de la traducción y codifica el aminoácido metionina.

Marco de lectura: La forma en que una secuencia de código genético (ADN o ARN) se divide en grupos de tres nucleótidos (codones) desde el comienzo de la secuencia, el marco de lectura para la traducción lo establece el codón de inicio AUG.


¿Qué es un codón de parada?

Los codones de parada también se conocen como codones sin sentido o codones de terminación. Este artículo establece todos los hechos relacionados con este tipo particular de codón.

Los codones de parada también se conocen como codones sin sentido o codones de terminación. Este artículo establece todos los hechos relacionados con este tipo particular de codón.

Un codón es un tipo específico de código genético que lleva un cierto conjunto de reglas, con la ayuda de las cuales se procesa y codifica información para formar material genético. Este material está presente en las secuencias de ADN o ARNm, desde donde se traduce en moléculas de proteínas. Las moléculas de proteína están formadas por aminoácidos, que se colocan en una secuencia específica. Siempre que hay un cambio en la estructura del codón, la información que se transmite es defectuosa, lo que conduce a la formación de moléculas de proteína defectuosas. Por lo tanto, la estructura de cada codón es muy específica para ayudarlo a realizar una función específica.

Detener el codón explicado

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Antes de proceder a conocer estos codones específicos, debemos comprender qué son los codones, en general. No son más que moléculas de código genético formadas por tres bases. En las moléculas de ADN, puede haber diferentes combinaciones de tres de sus cuatro bases. Estas cuatro bases son adenina, citosina, guanina y timina. Un codón consta de tres bases y codifica un único aminoácido específico, que está codificado en el ARNt del organismo.

Un codón de terminación es en realidad un triplete de nucleótidos dentro del ARN mensajero que indica la terminación del proceso de traducción. La mayoría de los codones en el ARN mensajero corresponden a la adición de un aminoácido específico a una cadena de proteína en crecimiento, en un orden específico. El codón sin sentido en realidad termina el proceso de formación de proteínas. Esto se hace deteniendo la inclusión de más aminoácidos en la cadena de proteínas. La formación de la cadena de aminoácidos se detiene en este punto, por lo que las posibilidades de cometer errores durante la formación de proteínas se reducen considerablemente.

Estructura

En el código genético estándar, hay tres tipos diferentes de codones de parada, que son, TAA (timina & # 8211 adenina & # 8211 adenina), TAG (timina & # 8211 adenina & # 8211 guanina) y TGA (timina & # 8211 guanina y adenina # 8211). Todos y cada uno de estos codones de parada son muy importantes. Cuando estos codones se someten a la transcripción del ADN, cambian a UAA (uracilo & # 8211 adenina & # 8211 adenina), UAG (uracilo & # 8211 adenina & # 8211 guanina) y UGA (uracilo & # 8211 guanina & # 8211 adenina). Estos son los codones de terminación que generalmente se encuentran en las moléculas de ARN.

La posición de un codón de terminación no está fija, debido al hecho de que la longitud de la molécula de proteína y, en consecuencia, la longitud de la cadena de proteína, así como el número de aminoácidos depositados, varía significativamente. Por tanto, los codones de terminación tanto en el ADN como en el ARN, se pueden encontrar a intervalos variables en toda la longitud de la cadena. Los codones de parada se pueden identificar fácilmente cuando se secuencia la molécula de ADN y, por lo tanto, se pueden usar para identificar las ubicaciones en el código genético, que corresponden específicamente a un tipo particular de proteína.

La mutación del codón de parada no es un fenómeno nuevo. Las mutaciones puntuales pueden ocurrir en cualquier lugar a lo largo del ADN y, por lo tanto, también pueden afectar al codón sin sentido. El codón podría transcribirse incorrectamente o los ácidos nucleicos en ese codón podrían cambiar. Esto podría ocasionar problemas potenciales. En una célula, esto puede dar lugar a una mutación aleatoria, que puede provocar un mal funcionamiento o incluso la muerte de la célula.

Finalmente, estos codones son un factor importante para acortar la longitud de la cadena proteica. Por lo tanto, ayudan a evitar que la síntesis de proteínas continúe interminablemente, o incluso que salga mal.

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Tanscription/translation - Start and stop codons

The diagram represents a single strand of DNA containing a gene, in purple. Remember this gene is "read" in the 5' to 3' direction to produce an mRNA. To make a protein (polypeptide), mRNA is translated, or read, three nucleotides at a time. Each triplet codon specifies an amino acid to be added to the growing polypeptide chain. In addition to the amino acid designations, specific "start" and "stop" codons begin and end the protein sequence.

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