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¿Qué se entiende por "expresión" de ARN no codificante?


Estaba echando un vistazo a lncRNAdb y su ayuda dice:

La lista de anotaciones de genes del proyecto ENCODE, GENCODE, ha predicho que el genoma humano contiene 14.470 lncRNA, mientras que se ha demostrado que solo una pequeña proporción de estos tienen función.

Hemos examinado miles de publicaciones con el fin de encontrar y anotar manualmente lncRNA que han demostrado ser funcionales mediante experimentos de sobreexpresión o derribo.

¿Qué se entiende aquí por sobreexpresión de un ARN no codificante? Incluso si echa un vistazo a cualquier lncRNA en la base de datos, su entrada tiene una columna para "Expresión":


Consultaron publicaciones relacionadas con el lncRNA que estudiaron si era funcional a través de la sobreexpresión o la caída. Las células hacen algo medible en su estado normal, que se puede observar a través de microscopía, qPCR, microarrays, etc. Usas los datos como un control con el que comparar los resultados experimentales.

Para un estudio de sobreexpresión, por ejemplo, puede transfectar sus células con un vector que transcribirá gran parte de su ncRNA. La necesidad de que la transfección sea estable o transitoria dependerá de otros factores. Entonces, los métodos que utilizó para recopilar datos como control, aplíquelos al grupo transfectado. Si hay cambios estadísticamente significativos en algo cuando tiene más ncRNA, puede decir en parte que su ncRNA es funcional. Está haciendo algo observable.

Lo contrario es cierto para el derribo. Tal vez pueda usar CRISPR para hacer el trabajo, pero la transducción lentiviral con, por ejemplo, un promotor inducible por doxiciclina, se encuentra entre otras posibilidades. El objetivo ahora es hacer que el gen o la expresión del gen desaparezcan. Haces el mismo experimento y ves si la ausencia del ncRNA afecta a la célula.

Ahora, en la base de datos que está viendo, la expresión se utiliza para mostrarle ¿en qué tejidos se ha detectado BX118339? Básicamente dice que BX118339 se expresa en los testículos y el cerebro fetal.


Con muchos ARN no codificantes, el ARN es el punto final funcional. Por lo tanto, la "expresión" de ncRNA simplemente se refiere a la producción de ese componente funcional. Al igual que con las proteínas, esto implica observar la producción tisular diferencial de ese ARN no codificante (es decir, en qué tejidos se produce el ARN).

La expresión génica se define en el Oxford Dictionary of Biology como:

La manifestación de los efectos de un gen por la producción de la proteína particular, polipéptido, o tipo de ARN cuya síntesis controla.

En otras palabras, la expresión génica significa lo mismo si el producto funcional es una proteína o un ARN no codificante. Por supuesto, no existe un componente de traducción para la expresión de ncRNA.